Известный продюсер и его съемочная группа, покинув каменные джунгли Манхэттена, отправились на далекий остров, чтобы начать работу над очередным фильмом. Однако райский уголок оказался весьма опасным местом. Коварные туземцы украли звезду фильма, красавицу Энн, чтобы принести ее в дар хозяину острова - гигантской горилле Конгу.
После того, как Конг трагически погиб, доктор Лорна Дженкинс клонировала его и перевезла на остров Конга, где бы он наконец то мог быть защищен от внешнего мира. 18 лет спустя ее внук с приятелями приехали на остров, чтобы показать Конга своему учителю, Рамону Де Ла Порта, однако у того были свои планы...
Согласно древнему пророчеству, затонувший город Атлантида начинает подниматься на поверхность. Злая королева Рептилла собирается воспользоваться этой возможностью и заполучить Атлантиду. На помощь приходит гигантская горилла Конг, возрожденная из ДНК первого Конга и ДНК своего человеческого брата Джейсона. Горилла и ее друзья должны спасти Атлантиду и ее жителей от Рептиллы.