Леонардо живет спокойной и мирной жизнью, посвятив себя изобретательству. Его друг Лоренцо во всем помогает товарищу и поддерживает во всех начинаниях, а вот прекрасная Джоконда насмехается над странными идеями Леонардо. Но вскоре в жизни девушки происходит несчастье - в ее доме происходит пожар, и она остается ни с чем. Однажды в их город забредает рассказчик, который упоминает о потерянном сокровище, которое еще никому не удавалось найти. Ребята решают, что им повезет, и отправляются в удивительное путешествие.
Странные события происходят в Нью-Йорке: некий ученый Марк Уинтерс собирает армию древних монстров с единственной целью — поработить мир. Черепашки необходимы больше, чем когда-либо, но Рафаэль, Донателло и Микеланджело исчезли. Поэтому Леонардо должен восстановить единство команды, чтобы затем спасти город!