Продолжение любимой зрителю компании бесстрашных пингвинов: Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового. На этот раз у них есть очень важное задание, с которым ребятам следует справится как можно наилучшим образом - отдохнуть! Прежде чем ребята выполнять свое главное заданием, им придется хорошо потрудится и всласть пройти все приключение по дороге к своей цели!
Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка.