Альтернативная реальность, соответствующая началу XX века. В руках девочки по имени Сита находится Летающий Камень. За ним охотятся агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита встречает Пазу, своего ровесника, работающего в шахтерском городке. Вместе дети выясняют, что Камень - ключ к таинственному летающему острову Лапуте...
В будущем человечество, столетиями безоглядно эксплуатировавшее природу, пало жертвой своей гордыни. Землю постигла ужасная экологическая катастрофа, процветающие когда-то промышленные цивилизации обратились в прах, а поверхность планеты покрыло гигантское море Леса, испускающее в атмосферу ядовитые споры своих растений.
Маленькая любопытная рыбка Поньо - дочь колдуна и прекрасной морской богини уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Ее подбирает пятилетний Сооскэ. Малыши привязываются друг к другу. И теперь у Поньо только одно желание - стать человеком!